La Academia de Geografía e Historia de Costa Rica fue creada por Decreto Ejecutivo No. 7 del 10 de julio de 1940, por iniciativa del Secretario de Estado en el Despacho de Educación Pública, Lic. Luis Demetrio Tinoco Castro y por el Presidente de la República Dr. Rafael Ángel Calderón Guardia. Es una Academia docta según la Ley Nº 7610 de julio de 1996. Se rige por un Estatuto cuya última actualización fue publicada en la Gaceta Diario Oficial, No. 162, el 24 de agosto de 2005, pp. 2-7. A partir del 10 de noviembre de 2009 su sede se encuentra en el edificio de Patrimonio Nacional, antiguo Banco Anglo, en la Avenida central en San José. El Estado también otorga una subvención por medio del Ministerio de Cultura y Juventud. En 2010 la Academia cuenta con 38 Académicos de Número. Además, es miembro de la Asociación Iberoamericana de Academias de la Historia.

Entre las actividades de la Academia se cuenta su participación en celebraciones de fechas patrias nacionales, regionales y locales, en foros y conferencias. Ha estado a cargo de la publicación de los mensajes presidenciales y se pronuncia sobre asuntos de carácter histórico o geográfico por solicitud de instituciones. Por Ley está representada en ocho juntas y comisiones culturales nacionales. Entre sus actividades magnas, está la entrega anual del Premio Cleto González Víquez a una obra de carácter histórico. Desde su creación, la Academia ha incorporado hombres y mujeres investigadores de asuntos sociales nacionales, quienes se han esforzado porque esta institución crezca y se fortalezca. La presidieron entre 1940 y 2010, Luis Demetrio Tinoco Castro, Ricardo Fernández Guardia, Jorge Lines Canalías, Francisco María Núñez, Luis Felipe González Flores, Marco Tulio Zeledón Matamoros, José Luis Coto Conde, Carlos Meléndez Chaverri, Carlos Humberto Aguilar Piedra, Ligia Cavallini Quirós, Gabriel Ureña Morales, Rubén Yglesias Hogan, Luz Alba Chacón León, Luis Fernando Sibaja Chacón, y María Eugenia Bozzoli Vargas. Toda la membresía, de reconocidos académicos y académicas, se ha desempeñado en los otros puestos directivos y en las actividades propias de la Academia.